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【昊工具】更強更全面---m6Avar數據庫升級至RMVar

發稿時間:2021-03-25來源:天昊生物


RMVar數據庫網址:

http://rmvar.renlab.org/index.html


數據庫主頁:


數據庫的摘要信息:

將少數與疾病相關的變異從大量的基因組變異中區分出來是一項重大挑戰。影響RNA修飾的基因組變異在RNA代謝的許多方面發揮著關鍵作用,這些變異也與癌癥等許多人類疾病有關。評估基因變異對RNA修飾的影響將為理解人類疾病的致病機制提供一個新的視角。課題組前期開發了一個名為 "m6AVar "的數據庫,主要收錄與m6A相關的變異。為了納入所有的RNA修飾(RM)相關的變體,課題組推出了一個更新版本的----RMVarhttp://rmvar.renlab.org)。在這次更新中,RMVar包含了9RNA修飾的1 678 126RM相關變異,即m6Am6Amm1A、假尿苷、m5Cm5U2′-O-MeA-to-Im7G,(仍然包括三個置信度)。此外,還整合了RBP結合區、miRNA靶點、剪接事件和circRNAs,以協助研究RM相關變異對轉錄后調控的影響。此外,新數據庫還整合了ClinVar和其他全基因組關聯研究(GWAS)中與疾病相關的信息,以研究RM相關變異與疾病之間的關系。



RMVar的整體設計和構建:

從已發表的文獻和現有的數據庫中,我們收集了2 500 000RNA修飾位點和900 000 000RMVar的遺傳變異。更新的數據庫在三個置信度從高到低的水平上得出RM相關變異。為了研究RM相關變體的潛在作用,課題組整合了轉錄后調控效應的注釋。此外,通過GWASClinVar數據集進一步注釋了RM相關變體的致病性。



三種置信度數據的具體定義:


示例:

搜索基因MTHFR上的RNA修飾相關變異-----共有117個可能影響RNA修飾的基因組變異位點,可查看修飾類型,置信度和是否與疾病相關等.


研究思路拓展:這個數據庫能夠非常好的注釋關聯研究陽性位點可能的調控功能,也是數據挖掘課題非常好用的數據庫,此處可參考m6Avar的一篇引用文獻:Epigenomics (IF: 4.112; Q1). 2018 Oct;10(10):1279-1287. doi: 10.2217/epi-2018-0007. Epub 2018 Sep 17.Detection of m 6 A-associated SNPs as potential functional variants for coronary artery disease(超簡單的公共數據挖掘文章,值得一看!)



研究摘要:CADGWAS數據與m6Avar中的影響m6A修飾的SNP取交集,共獲得4390SNP,這些位點當中有304個在GWAS研究中顯著;經過數據庫注釋,其中50個可以調控基因的表達;再結合NCBI GEO下載的三個公共數據集,即鎖定了45個基因存在差異表達的CAD候選基因,并且含有影響m6A修飾的SNP

電話:18964693703(微信同號)

公司網址:www.geneskybiotech.com

郵箱:techsupport@geneskies.com

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